பார்வதிதேவியின் புத்திரனாக அவதரித்த விநாயகர் ஆரம்பத்தில் ஆதிவிநாயகர் என்ற பெயரில் மனித உருவத்துடன் தான் இருந்தார். பிரம்மன் உயிர்களைப் படைக்கும் பணியை மேற்பார்வையிட சென்றார். அந்நேரத்தில், தொழிலில் சற்று கவனமில்லாமல், தூக்க கலக்கத்தில் கொட்டாவி விட்டார் பிரம்மன். கொட்டாவி சோம்பலின் அறிகுறி. சோம்பல் வந்து விட்டால், துன்பம் பின்னாலேயே விரட்டிக் கொண்டு வந்து விடும். அந்த கொட்டாவியில் இருந்து ஒரு அரக்கன் பிறந்தான். இவன் தன்னைப் படைத்த பிரம்மனை வணங்கினான். ஐயனே! நீங்கள் உபயோகிக்கும் மண் உள்ளிட்ட எந்த உபகரணத்தில் இருந்தும் நான் பிறக்கவில்லை. வாயில் இருந்து பிறந்துள்ளேன். தாயில்லா பிள்ளையான நான் தங்களின் பிள்ளையாக இருக்க விரும்புகிறேன், என்றான். பிரம்மா இதற்கு சம்மதிக்கவில்லை. கோபம் கொண்ட அவன், அப்படியானால், நான் கேட்கும் வரத்தையாவது தாருங்கள், என்றான். பிரம்மா சம்மதிக்க, நான் யாரைக் கட்டித் தழுவுகிறேனோ அவர்கள் சாம்பலாக வேண்டும், என்றான். பிரம்மா சம்மதித்து விட்டார். அவ்வளவு தான். தன்னை மகனாக ஏற்காத பிரம்மனையே கட்டிப்பிடிக்க முயன்றான் அவன். பிரம்மா ஓடிவிட்டார். இதைப் பார்த்த விநாயகர் தந்தையிடம் சென்று நடந்த சம்பவத்தை சொன்னார். பிரம்மா இல்லாததால் உயிர்களின் பிறப்பு நின்றது.

கொட்டாவியில் இருந்து பிறந்த சிவந்த நிறமுடைய அந்த அரக்கன் சிந்தூரன் என தனக்கு பெயர் சூட்டிக் கொண்டான். தேவலோகத் தெருவில் போவோர், வருவோரை எல்லாம் கட்டிப்பிடித்து பஸ்பமாக்கினான். அவனைக் கண்டு நடுங்கிய தேவர்கள் சிவனிடம் முறையிட்டனர். சிவபெருமான் விநாயகரை நோக்கினார். தந்தையின் பார்வையை குறிப்பால் உணர்ந்த கணபதி சிந்தூரனைக் கொல்ல முடிவெடுத்தார். இந்நிலையில் மகேஸ்வரன் என்ற குரு (பிரகஸ்பதி) பக்தன், அவரை தினமும் கோயிலில் சென்று வணங்குவான். குரு அவன் பக்திக்கு மகிழ்ந்து, என்னை வணங்கிய உன் சிரம் இந்த உலகத்தாரால் வணங்கப்படுவதாக,என வரமளித்தார். அதற்கான நாளை எதிர்பார்த்திருந்தான் மகேஸ்வரன். ஒருநாள் அவன் தன் பரிவராங்களுடன் வீதியுலா சென்ற போது, அவ்வூருக்கு நாரதர் வந்தார். மன்னன் அவரைக் கவனிக்காமல் சென்றான். கோபமடைந்த நாரதர் அவனை அசுரனாகும்படியும், யானத்தலையுடன் திரியும்படியும், சிவனால் அத்தலை அறும்படியும் சபித்தார். இதன்பிறகு மகேஸ்வரன் அட்டூழியம் செய்து திரிந்தான். சிவபெருமான் அவன் சிரத்தை அறுத்தார். பிரகஸ்பதியிடம் ஓடோடிச் சென்ற விநாயகர், உங்கள் விருப்பப்படி உங்களால் வரம் தரப்பட்ட மகேஸ்வரனின் தலையை நான் பொருத்திக் கொள்வேன். அவன் தலையுடன் கூடிய என்னை எல்லாரும் பணிவர், என்றார். பின் அந்த தலையை தன் திருமேனியில் தாங்கி காட்சி கொடுத்தார். அன்று முதல் விநாயகருக்கு  கஜானனர் என்ற பெயர் ஏற்பட்டது. ஒருநாள் சிந்தூரன் விநாயகரை எதிர்க்க வந்தான். சர்வசக்தியுள்ள அந்தக்கடவுள் சிந்தூரனை அப்படியே தூக்கி தன் மத்தகத்தில் சாந்தாக பூசிக்கொண்டார். தேவர்கள் மகிழ்ந்தனர். வடமாநிலங்களில், விநாயகர் உடல் முழுவதுமே செந்தூரம் பூசுவதன் காரணம் இதுவே.