திருநெல்வேலி மாவட்டம், புளியங்குடியிலிருந்து ஆறு கிலோமீட்டர் தொலைவிலுள்ளது தலைவன் கோட்டை கிராமம். அதற்கு நேர்மேற்கே இரண்டு கிலோமீட்டர் தொலைவிலுள்ளது மலையடிக்குறிச்சி கிராமம். இந்த கிராமத்தின் அருகேயுள்ள மலையடிவாரத்தில்தான் குடைவரைக் கோயிலான மகாலிங்கர் ஆலயம் அமைந்துள்ளது. இங்குள்ள அம்மனின் பெயர் மரகதவல்லி. கருவறையில் சிவலிங்கம் ஸ்தாபிக்கப்பட்டிருந்தாலும், துõண்களில் பெருமாளுக்குரிய சுதர்சனச் சக்கரமும் காணப்படுகிறது. இந்த குடைவரை ஆலயத்தையொட்டி பண்டைக்கால முதுமக்கள் தாழிகள், சிற்பங்கள் போன்றவற்றை தொல்லியலார் கண்டெடுத்து ஆய்வுக்கு கொண்டு சென்றுள்ளனர். பாண்டிய மன்னர்கள் சிவவழிபாட்டில் மிகச் சிறந்து விளங்கினர். கி.பி. ஏழாம் நுõற்றாண்டின் முற்பகுதியில் மதுரையைத் தலைநகரமாகக் கொண்டு கூன் பாண்டியன் ஆட்சி புரிந்தபோது, அவனிடம் அமைச்சராகப் பணியாற்றியவர் சேந்தன் மாறன். பாண்டியனுக்குக் கட்டுப்பட்ட சிற்றரசர்கள் தென் தமிழகத்தில் ஆங்காங்கே ஆட்சி செய்து வந்தனர். அவர்களுக்கிடையேயான பூசல்களைத் தீர்த்து வைக்கவும், எதிரிப் படைகளின் அச்சுறுத்தல்களிலிருந்து அவர்களைக் காக்கவும் அவ்வப்போது சேந்தன் மாறன் படையோடு செல்வதுண்டு. அவ்வகையில் தலைவன் கோட்டை பகுதிக்குத் தன் படையோடு வந்த சேந்தன் மாறன் இம்மலையடிவாரத்தில் பாசறை அமைத்துத் தங்கினார். அப்போது அந்த மலைப்பாறையைக் கண்ணுற்ற அவர் உள்ளத்தில் ஆலயம் அமைக்கும் எண்ணம் தோன்றியது. அதன்விளைவாக உருவானதே இக்கோயில்.