தேனியில் எந்த நல்ல செயல்கள் ஆரம்பித்தாலும் மக்கள் பெத்தாக்ஷி விநாயகரை வழிபட்டுத்தான் ஆரம்பிப்பதை வழக்கமாக கொண்டுள்ளனர். மார்கழியில் சபரிமலைக்கு மாலை அணியும் ஐயப்ப பக்தர்களில் பெரும்பாலானோர் இங்கு மாலை அணிவர். புதிய வாகனங்கள் யாவையும் இக் கோயில் முன்பு நிறுத்தப்பட்டு பூஜை செய்து அதன்பின் உபயோகிப்பது வழக்கம். தலவிருட்சமாக வன்னி மரமும், வில்வ மரமும் அமைந்துள்ளது. இதில் வன்னி மரத்தின் கீழ் நாகர் அருள்பாலிக்கிறார். 

இந்த கோயில் 200 வருடம் பழமையானது. ஆரம்ப காலத்தில் சுயம்புவாக தோன்றிய கன்னி மூலையில் உள்ள கணபதியைத்தான், பிரதானமாக வைத்து பூஜை செய்து வந்தனர்.  இவருக்கு பின்புறம் மிகப்பெரிய ஆலமரம் இருந்தது. சுமார் 90 வருடங்களுக்கு முன்பு பெத்தாக்ஷி அம்மா என்பவர் இந்த சுயம்பு விநாயகருக்கு அபிஷேகம் ஆராதனை செய்து வந்தார். அத்துடன் இங்கு வரும் பக்தர்களுக்கும் சேவை செய்து வந்தார். அவரது காலத்திற்கு பின், இந்த விநாயகரை யாரோ எடுத்து சென்று விட்டனர். மறுபடியும் சில நாட்கள் கழித்து இருந்த இடத்திற்கே விநாயகர் திடீரென வந்து விடுவார். இதுபோன்று அடிக்கடி நடைபெற்று வந்ததால் கோயிலின் நிர்வாகத்தினர் தற்போதுள்ள மிகப் பெரிய விநாயகரை பிரதிஷ்டை செய்து பூஜை செய்ய ஆரம்பித்தனர்.  பெத்தாக்ஷி அம்மா நினைவாகவும், பெத்தாக்ஷி என்றால் பெரிய அளவில் ஆட்சி புரிபவர் என்பதன் அடிப்படையிலும் இங்குள்ள விநாயகருக்கு பெத்தாக்ஷி விநாயகர் என்று பெயர் வந்ததாக கூறப்படுகிறது.