ராமாயண காலத்துக்கு முந்தைய வரலாற்றை கொண்டது; தொல்லியல் துறையால் 2,000 ஆண்டுகளுக்கு முந்தைய கோவில் என கண்டறியப்பட்டுள்ளது, திருமுருகன்பூண்டி திருமுருகநாத சுவாமி கோவில். மூலவராக சிவனும், முயங்கு பூண் முலை வள்ளியம்மையாக அம்மனும், வள்ளி தெய்வானை சமேத சிவசுப்ரமணியரும் உள்ளனர்.

பல ஆயிரம் ஆண்டுகளுக்கு முந்தைய கோவிலாக, பாண்டியர், சோழர் என பலரால் திருப்பணி செய்யப்பட்டு, கட்டட கலைகளை ஒருங்கே கொண்டதாகவும், கோவில் அமைப்பு முதல் அனைத்தும் எதிர்மறையாகவும், வித்தியாசமாகவும் அமைந்துள்ள சிறப்பு வாய்ந்த தலமாக இக்கோவில் உள்ளது. திருச்செந்தூரில் சூரபத்மனை வதம் செய்த முருகன், தேவர்களுக்காக, அச்செயலை செய்திருந்தாலும், சிறந்த சிவபக்தரை அழித்ததால், பிரம்ம ஹத்தி, வீர ஹந்தி தோஷம் பிடித்தவராக, மனநிலை பாதிக்கப்பட்டவராக மாறினார். அனைத்தையும் மறந்த அவர், இப்பிரச்னையில் இருந்து மீள பிரம்மாவிடம் வரம் கேட்டார். முல்லை வனக்காட்டில் உள்ள சிவனை வழிபட்டால், உனது தோஷம் நீங்கும் என அவர் தெரிவித்துள்ளார். உடனே, முல்லை வன காட்டில் எழுந்தருளியிருந்த மங்களாம்பிகை சமேத மாதவனேஸ்வரர் கோவிலை சுப்ரமணியர் தேடியுள்ளார். ஞான திருஷ்டியும் இல்லாததால், பூண்டியில் உள்ள கோவில் அருகே இருந்த பிரம்ம தீர்த்தத்தில் குளித்துவிட்டு, தனது கையால் லிங்கத்தை வடிவமைத்து வணங்கியுள்ளார். அதனால், இக்கோவில், மனநிலை பாதிக்கப்பட்டவர்களை குணமாக்கும், பிரம்ம தீர்த்தம், சுப்ரமணியர் தீர்த்தம், துர்வா தீர்த்தம் உள்ளிட்ட 27 தீர்த்தங்களை உள்ளடக்கியதாக உள்ளது. மற்ற சிவ ஸ்தலங்கள், பெரும்பாலும், கிழக்கு நோக்கி அமைந்துள்ளன; இக்கோவில் மட்டும், மேற்கு நோக்கி அமைக்கப்பட்டுள்ளது.

மேல் நோக்கி வரலாம்: கோவில்கள் பெரும்பாலும், பக்தர்கள் ஏறிச்செல்லும் வகையில் அமைந்திருக்கும். ஆனால், இக்கோவில், தரைமட்டத்தில் இருந்து கீழ் இறங்கி, வழிபடச் செல்லும் வகையில் அமைந்துள்ளது. மனித குணங்களை விட்டு, கீழிறங்கி சென்றவர்களும், கோவில் கொண்டுள்ள சிவனையும், முருகனையும், அம்பாளையும் மனமுருகி வணங்கினால், மேல் நோக்கி வளர்ச்சி அடையலாம் என்பதை குறிக்கும் வகையில், கோவில் அமைந்துள்ளது. பிரமாண்ட மதில் சுவர், கற்களால் உருவாக்கப்பட்ட கோவில், சுற்றுப்பிரகாரத்தில் உள்ள கற்களில் கோவில் வரலாறு குறிப்பிடப்பட்டுள்ளது.

ஆறாவது முகம்: பெரும்பாலான கோவில்களில், சுப்ரமணியர் சிலை, முன்புறம் மூன்று முகங்களும், பின்னால் மூன்று முகங்களுடனும் அமைந்திருக்கும். இக்கோவிலில் மட்டும், முன்னால் தெரியும் வகையில் ஐந்து முகங்கள் அமைந்துள்ளன. ஆறாவது முகம், பின்னால் அமைந்துள்ளது. அந்த முகம், "அதோ முகம் எனப்படும். இம்முகத்தை நேரடியாக பார்க்கக் கூடாது என்பதால், கண்ணாடியில் மட்டுமே பார்க்க முடியும் வகையில் அமைந்துள்ளது. அதேபோல், தமிழகத்தில் தெற்கு நோக்கி சுவாமி அமர்ந்திருப்பது இங்கு மட்டுமே. மேலும், திருச்செந்தூரில், வதம் செய்துவிட்டு, திருமுருகன்பூண்டிக்கு வந்து விட்டதால், திருச்செந்தூர் கோவில் மூல ஸ்தானத்துக்கான மூலவர், இங்கு அமைந்துள்ளதாகவும் வரலாறு உள்ளது. வள்ளி, தெய்வானையுடன் ஒரே சன்னதியில் அமைந்துள்ளதும், முருகன் பிடித்த லிங்கமும் சுப்ரமணியர் கருவறையில் உள்ளது. மனநிலை பாதிக்கப்பட்டவர்கள், இக்கோவிலுக்கு வந்து, தீர்த்தங்களில் தினமும் குளித்து, 48 மண்டலங்கள் வழிபட்டு, அதோ முகத்தை பார்த்தால் போதும்; மனநிலை சரியாகி விடும். மருந்து தேவையில்லை; சுவாமி தரிசனமும், பிரசாதமும் மட்டுமே மருந்து என்கின்றனர்.

காப்பாற்றிய அம்மன்: சவுந்திரமாநதியில் ஏற்பட்ட வெள்ளப்பெருக்கு, கோவிலை சூழ்ந்து, சுயம்புவாக உருவான லிங்கத்தை அடித்துச் சென்றது. இதைப்பார்த்த, அம்மன், கீழிறங்கி வந்து, சிவனை தனது மார்பில் அணைத்து, வெள்ளத்தில் இருந்து காப்பாற்றினார். இதனால், இங்குள்ள அம்மனுக்கு முயங்கு பூண் முலை வள்ளியம்மை என்று பெயர் வந்ததாக வரலாறு உள்ளது. அம்மன் சன்னதி தனியாக அமைந்துள்ளதோடு, காற்று நுழைய முடியாத அளவுக்கு சன்னதி அமைந்துள்ளது. மேலும், ஸ்ரீசக்கரத்தில் அம்மன், ஆக்ரோஷ கோலத்தில் அருள்பாலித்து வருகிறார். சன்னதிக்குள் நுழைந்தாலே, ஒரு அதிர்வு ஏற்படுகிறது. இதனால், எந்த நோய் இருந்தாலும், நீங்கும் என்பது ஐதீகம். மேலும், சுயம்புலிங்கம், சுப்ரமணியர், நந்தி ஆகியவை வடிவில் சிறியதாகவும், கோவில் பள்ளத்தில் இருந்தாலும், அம்மன் சிலை மட்டும் பெரியதாக உள்ளது. அம்மனை வணங்குவது கோவிலில் மற்றுமொரு சிறப்பு.

திட்டு வாங்குவதற்காக...: சிவனின் நண்பராகவும், ஒவ்வொரு கோவிலாக சென்று பாடி வந்த சுந்தர மூர்த்தி நாயனார், அவிநாசி செல்லும் வழியில், பரிசாக பெற்ற பொன், பொருளுடன், அவிநாசி ரோட்டில் தற்போதும் உள்ள கூப்பிடு பிள்ளையார் கோவிலில், இரவு தங்கியுள்ளார். சுந்தரமூர்த்தி நாயனார், நம்மை திட்டியதில்லையே; திருமுருகன்பூண்டியில் கோவில் கொண்டுள்ளதே தெரியாமல் உள்ளாரே என எண்ணிய சிவன், திருவிளையாடல் நிகழ்த்தினார். வேடன் உருவம் பூண்டு, பூத கணங்களுடன் சென்று பொருட்களை திருடியதோடு, வழி நெடுகிலும் வீசி விட்டு வந்தார். காலையில் எழுந்து பார்த்த சுந்தரமூர்த்தி நாயனார் அதிர்ச்சியடைந்து, விநாயகரிடம் கேட்டுள்ளார். தந்தையை மீறி பேச முடியாமல், அவரும் மவுனமானார். வழியெல்லாம் பொன், பொருள் கிடப்பதை பார்த்த நாயனார், அங்கு சிவஸ்தலம் இருப்பதை பார்த்து, உனது எல்லையில் எனது பொருள் திருடு போவதா? "எந்துற்கு எம்பிரான் நீரே என சிவனை திட்டி, பத்து பாடல் பாடியுள்ளார். பிறகு காட்சியளித்த சிவன், நீர் திட்டி பாட வேண்டும் என்பதற்காகவே, இதனை செய்தேன் என கூறி, இரண்டு பங்கு பொருள் வழங்கி, அனுப்பி வைத்துள்ளார். இக்கதையை விளக்கும் வகையில், கோவிலுக்கு நுழைவதற்கு முன், சிவன் வேடனாக, வில், கல்லுடன் நிற்கும் சிற்பமும், கோபத்துடன் சிவனை எதிர்த்து சுந்தர மூர்த்தி நாயனார் நிற்பது போலவும், சாந்த முகத்துடன், சிரித்தபடியே நிற்பது போலவும் சிலைகள் உள்ளன. இன்றும், சிவன் திருடி வந்து மறைத்து வைத்த, வேடுவ பறிகுழி கோவிலில் உள்ளது. வீட்டில் பொருட்கள் திருட்டு போனால், செய்வினை, திருமண தடை உள்ளிட்ட எந்த தடைகள் வந்தாலும், சுந்தரமூர்த்தி நாயனார், சிவனை திட்டி பாடிய பத்து பாடல்களையும், பாடி வணங்கினால், பொருட்கள் மீண்டும் கிடைக்கும். இங்கு நடக்கும் சூரசம்ஹார திருச்சதி பூஜை எனப்படும் எதிரிகளை ஒழிக்கும் அர்ச்சனை செய்தால், ஆறு வாரத்தில் காரியம் கூடும் என்ற நம்பிக்கையும் உள்ளது.