விநாயகரின் சிறப்பான வாகனம் மூஞ்சுறு (எலி) தான். மூஞ்சுறு எப்படி விநாயகருக்கு வாகனமானது. விநாயகப் பெருமானைப் போற்றி வணங்கும் கிரவுஞ்சன் என்னும் கந்தர்வ இளைஞன் ஒருவன் பூலோகத்தில் தவம் செய்து கொண்டிருந்த முனிவர் ஒருவரின் மனைவியைக் கண்டு மோகித்து அவளின் கரங்களைப் பற்றி இழுத்தான். அதைக் கண்டு கோபங் கொண்ட முனிவர், மண்ணைத் தோண்டி வளையில் பதுங்கும் மூஷிகமாக மாறக்கடவாய் என சாபமிட்டார். அதனால் மூஷிகமாக (எலி) மாறி பராசர முனிவரின் ஆசிரமத்தில் புகுந்து எல்லாவற்றையும் கடித்துக் குதறி நாசம் செய்ததோடு அங்குள்ள மரங்களின் வேர்களைத் துண்டித்து விழச் செய்தும் அட்டகாசம் செய்த வண்ணம் இருந்தான். அச்சமயம் அபினந்தன் என்ற மன்னன் ஒரு யாகம் செய்தான். இந்திரன் தன் பதவிக்கு பங்கம் வராதிருக்க காலநேமி எனும் கொடிய அசுரனைத் தோற்றுவித்து அந்த யாகத்தை அழிக்கும்படி உத்தரவிட்டான். ஆனால் அவனோ அந்த யாகத்தை அழித்ததோடு மட்டும் அல்லாமல் பூவுலகம் முழுவதிலும் எங்கெங்கு யாகம் நடக்கின்றதோ அங்கெல்லாம் சென்று அவற்றை நாசப்படுத்தி அனைவரையும் துன்புறுத்தத் தொடங்கினான். அதிலிருந்து விடுபட அனைவரும் ஈசனை வேண்ட அவரும் அருள் புரிந்தார். வரேனியன் என்னும் மன்னருக்கு மகனாகத் தாம் பிறக்கப் போவதாகச் சொல்லி அவ்விதமே யானைமுகத்துடன் அவதரித்தார். அதைக் கண்ட ராணியும் மன்னனும் வருத்தமடைந்து சாமுத்ரிகா லட்சணங்களுடன், பிறக்காத இக்குழந்தையை எடுத்துச் சென்று எங்காவது போட்டு விடுங்கள் என்று கட்டளையிட்டனர். அவனது படைவீரர்கள் அக்குழந்தையை எடுத்துக் கொண்டு போய் காட்டில் ஒரு குளத்தின் கரையில் வைத்து விட்டுச் சென்று விட்டனர். அவ்வழியே நீராடச் சென்ற பராசரர் அக்குழந்தையைக் கண்டு அதிசயித்து நம் பெருமாளே இந்தக் குழந்தையை நமக்கு அளித்துள்ளான் என்று அகமகிழ்ந்து வளர்த்து வந்தார். அக்குழந்தையும் நாளும் வளர்ந்து வரலானார்.

மூஷிகன் பராசரரின் குடிசைக்கு வந்து அட்டகாசம் செய்வது கண்டு கணேச பெருமான் தமது பரசு ஆயுதத்தை எடுத்து மூஷிகன் மேல் வீசினார். பரசு அவனை நோக்கிப் பாய்வதைக் கண்டு பயந்தபடி இங்குமங்கும் ஓடினான். பூமியைக் குடைந்தபடி பாதாளலோகம் வரை சென்றான். அப்போதும் பரசு ஆயுதம் அவனைத் துரத்தி வருவதைக் கண்டு சோர்ந்து போனான். பரசும் அவனைக் கட்டி இழுத்து வந்து பெருமான் முன்பாக நிறுத்தியது. மூஷிகன் தன் முந்தைய வரலாற்றைக் கூறி தம்மை மன்னித்தருளும் படி வேண்டினான். விநாயகரும் அவனை அரவணைத்து அருளினார். அதன்பின் காலநேமியை அழிக்க எண்ணங்கொண்ட போது அவனாகவே விநாயக பெருமானின் பாதங்களில் விழுந்து சரணடைந்து நற்கதி பெற்றான். இவ்விதமாய் மூஷிகத்தை வாகனமாகப் பெற்ற விநாயகர் மூஷிக வாகனர் என்ற சிறப்புப் பெயருடன் அழைக்கப்படுகிறார்.