கி.பி. 1529-1564ல் மன்னர் விஸ்வநாத நாயக்கர் கோவில் நிர்வாகத்தை அபிஷேகப் பண்டாரம் வசம் ஒப்படைத்திருந்தார். குலசேகர பட்டர், சதாசிவம் பட்டர்களின் ஒற்றுமைக் குறையும், அபிஷேகப் பண்டாரத்தின் தலைமை நிர்வாகக் குறைவும், ஒருசேர ஆலய ஆகம ஆராதனை மற்றும், நித்திய பூஜை வரை சீர்கெட்டிருந்தது. இதனை உணர்ந்த திருமலைமன்னர் தலைநகரை மதுரைக்கு மாற்றிய பின் முதலில் அபிஷேகப் பண்டாரத்திற்கு நிலங்கள், பணங்களைக் கொடுத்து அவரை நிர்வாகத் தலைமையிலிருந்து நீக்கினார்.

பட்டர்களின் பூசல்களைத் தீர்த்து புதிய ஒழுங்குமுறைத் திட்டங்களை வகுத்து கோவில் நிர்வாகத்தையும், பூஜைமுறைகளையும், சீர்படுத்தினார். பின் தன் மேம்பட்ட ஆன்மீகச் சிந்தனைகளின் தூண்டுதலாலும் ஸ்ரீ மீனாக்ஷி சுந்தரேஸ்வரர் மீது கொண்ட அளவிடற்கரிய பக்தியாலும், தொடர்ச்சியான, விரிவாக்கப் பணிகளைச் செய்யத் திட்டமிட்டார். அதனைச் செயல்படுத்தும் வகையில், தன் அமைச்சரும், குருவும், ஆகம சாஸ்த்திரங்களில் தேர்ச்சி பெற்றவருமான ஸ்ரீ நீலகண்ட தீட்சிதருடன் கலந்து அவருடைய பரிந்துரைகளையும், ஏற்று செயல்படத் துவங்கனார்.

திட்டமிடலும் அத்திட்டங்களை அறிஞர் பெருமக்களின் கருத்துக் கேட்டலிலிலும், நாட்டு மக்களின் நலம், பாதுகாப்பு, மற்றும் இறையாண்மையை உயர்த்துதலும் ஒரு மன்னனுக்கு உள்ள கடமைகளாகும் என்பதற்கு திருமலைநாயக்கர் உதாரணமாய்த் திகழ்ந்தார் என்பதே இங்கு குறிப்பிடத்தகுந்த வரலாறாகும் சைவ, வைணவப் பேதமின்றி இருசமையங்களையும், ஒன்றிணைக்கும் வகையிலேயே அவருடைய எல்லாத் திருப்பணிகளும், இருந்திருக்கின்றன. வரலாற்றுப்படி ஏழாம் நூற்றாண்டில் சமணம் சைவத்தை சாய்க்கப் பார்த்து சமணம் அழிந்தது. அன்றும், இன்றும், சைவம்  பெரிதா, வைணவம் பெரிதா எனச் சண்டையிட்ட வீர சைவர்களும், வீர வைணவர்களும் இல்லாமலா இருக்கிறார்கள். எது சிறந்தது என ஆராய்ச்சியிலிறங்காமல், எதைப் பற்றியுள்ளார்களோ அதுவே உயர்ந்தது என எண்ணுவதும், சலனமற்ற ஒரே நோக்கே பெருநோக்காகும்.

ஒருமுகப்படுத்திய மனதால் மட்டுமே, இறையை அறியமுடியும் என்பதும் இறைவன் ஒருவன் என்ற உண்மையை உணர்த்துவதே வேத அடிப்படையாகும். அதன்படி திருப்பரங்குன்றத்துப் பெருமானும், திருமாலிருஞ்சோலை அழகர்பெருமானும், திருவரங்கக் கோவிலும், திருவானைக் கோவிலும், ஸ்ரீ வில்லிப்புத்தூர் தாயாரும், திருநெல்வேலி காந்திமதி அம்மையும், மதபேதமின்றி திருமலை-மன்னரின் திருப்பணிகட்கு திருமனம் செய்தனர். தற்போதைய மதுரை டவுன்ஹால் சாலையருகிலுள்ள தெப்பக்குளம், கரியமாணிக்கப் பெருமாளுக்கு உரியது என்றும் அப் பெருமானின் கோவிலும் அங்கு இருந்திருக்க வேண்டுமென்றும் சிலர் கூற்றாகவிருப்பினும், அக்கரியமாணிக்கப்பெருமான் ஸ்ரீ மீனாக்ஷியம்மன் திருக்கோயிலினுள்ளேயே இருந்தது எனவும், அச்சன்னதிக்கும் எதிரே மொட்டைக்கோபுரத்தை வடக்குக் கோபுரம் நோக்கிய தற்போதைய மூடியுள்ள வாயிலே நுழைவாயிலாக இருந்ததெனவும் கூறுவர்.

சுல்தான்களின் படையெடுப்பில் மதுரைக் கோவில் பேரழிவைச் சந்தித்தபோது அச்சிதைவினில் கரியமாணிக்கனார் சன்னதி, மற்றும் மண்டபங்களும், அழிந்திருக்கிறது. அம்மண்டபத் தூண்களைக் கொண்டே சங்கிலி மண்டபம் கட்டப்பட்டிருக்கிறது. இதனை மெய்ப்பிக்கும் வகையில் இம்மண்டபத் தூண்களில் காணப்படும் அனுமார், பஞ்சபாண்டவர்கள், உருவச் சிலைகள் காணப்படுகின்றன. ஆயினும் மூலவர் கரியமாணிக்கப்பெருமானின் உருவச்சிலையை மட்டும் காணப்படவில்லையென வரலாற்றாசிரியர்கள் தெரிவிக்கின்றனர். (திருகோவிந்தசாமி ஐயர் அவர்களால் 1922-ல் வெளியிடப்பட்ட திருமலைநாயக்கர் சரித்திரம் என்ற நூலில் இது காணப்படுகிறது. இவ்விதமாகச் சிதம்பரம் பெரிய கோவில், ஸ்ரீ மீனாக்ஷி திருக்கோவில் ஆகிய தலங்களில் இருசமய ஒருமைப்பாட்டை ஏற்படுத்தி, பெருமாள் சன்னதிகள், வைணவக் கடவுளார் திருஉருவங்கள், என உருவாக்கியுள்ளனர்.

இதுபோலவே மதுரை பழங்காநத்தம் ஈஸ்வரன் கோவில் என்றழைக்கப்படும் ஸ்ரீ காசிவிஸ்வநாதர் ஸ்ரீ காசி விசாலாட்ஷிதிருக்கோவில் சுவாமி கர்ப்பகிரஹத்தின் வடபுற வெளிச் சுவற்றில் ஸ்ரீ யோக நரசிம்மப் பெருமானின் திருஉருவம் பொறிக்கப்பட்டுள்ளது. மீனாக்ஷியம்மனின் சன்னதி முன்பாக உள்ள ஆறுகால் பீடத்தில் இரண்டு பெரும்தோற்றங்களில் வடிக்கப்பட்ட துவாரபாலகர் சிலைகளையும், சொக்கேசர் சன்னதி முன்பாக, நெடிய உருவ துவாரபாலகர் சிலைகளையும், அமைத்ததோடு அவ்விரண்டு இடங்களின் முன்பாகவும் பலி பீடங்கள், கொடிமரங்கள், அமைத்திருக்கின்றார். திருமலைமன்னர் 12 ஆயிரம் பொன் வருமானம் அளிக்கும் வகையில் ஐராவதநல்லூர் அயிலனூர், வலையபட்டி, வலையன்குளம், தொட்டியபட்டி, நெடுமதுரை, கொம்பாடி, பெரிய ஆலங்குளம், தாதன்பட்டி, சின்னமநாயக்கன்பட்டி, போடிநாயக்கன்பட்டி, கொண்டையன்பட்டி, தும்பிச்சிநாயக்கன்பட்டி, சண்பைக் குளம், விராலிப்பட்டி, கிள்ளிமங்கலம், சடைச்சிபட்டி, முதலிய கிராம வருமானங்களைக் கோயிலுக் கென அளிக்கும்வகையில் தன்பெயரில் ஒரு கட்டளை ஏற்படுத்தினார். இவ்வருமானத்திலிருந்து ஸ்ரீ மீனாக்ஷி யம்மைக்கு மூன்றுகால வழிபாடுகளும், சொக்கநாதப் பெருமானுக்கு உச்சிப் போது வழிபாடும், வஸந்தகால இளவேனிற் காலம் வசந்த விழாவும், தெப்பத்திருவிழாவும் நடத்தப்பட்டதாய் வரலாறு அறிவிக்கிறது.

திருவிளையாடற்புராணப் படலத்தின் திருவிளையாடல்களை விழாவாக்கி திருக்கல்யாணம், தேர், திருவுலா எனப் பல விழாக்களை, சமயங்களை இணைத்தும், சம்பிராதய விழாக்களில் மக்களை ஒருகிணைக்கும் பணியை எழிலாகச் செய்தார். உழவர் பெருமக்களின் வசதியைக் கருதி அறுவடையில்லாத காலத்தைத் தேர்ந்தெடுத்தார். அழகர்கோவிற் பெருமானை மலையிலிருந்து எழுந்தருளச்செய்து மதுரையருகில் உள்ள தேனூர் வரை சித்ரா பௌர்ணமியன்று வந்துபோகும் வழக்கிலிருந்ததை மாற்றி மதுரை வண்டியூர் வரை வந்தருளச் செய்தார். ஸ்ரீ மீனாக்ஷி கல்யாணம், தேரோட்டம் முதலிய விழாக்களை சித்திரை மாதத்திலும், சித்திரையில் நடந்து வந்த விழாக்களை மாசியில் நடத்திடவும் செய்தார். அரண்மனையில் நடப்பதைப் போன்று நவராத்திரி விழாவை மதுரைக் கோவிலிலும், புரட்டாசி மாதம் சிறப்பாக நடத்தி வந்து இருக்கிறார். இன்றளவும் இவ்விழாக்கள் அனைத்தும் அப்படியே சிறப்புடன் நடைபெற்று வருகின்றன.

திருமலைமன்னரின் பிறந்த நட்சத்திரமான தைமாதப் பூச நட்சத்திரத்தன்று வண்டியூர் மாரியம்மன் கோவிலுக்கு எதிர்புறம் ஒரு பெரிய குளத்தை வெட்டுவித்து நீளம் 1000 அடி, அகலம் 950 அடி. சுமார் 9ணீ (9.5) லட்சம் சதுரஅடி விஸ்த்தீரணத்தில் மையமண்டபம் அமைத்து, மண்டபத்தின் 4 வெளிமூலைகளில் 4 சிறுமண்டபங்களும் அமைத்து தெப்பத்திருவிழாவை போன்று சிறப்பாக நடந்து வருகிறது. ஸ்ரீ சோமசுந்தரேஸ்வரர் சன்னிதிக்கு எதிரே கண்ணிற்கும் கருத்திற்கும் விருந்தளிக்கும் அழகிய பெரிய சிற்பவேலைகளுடன் கூடிய புதுமண்டபம் ஒன்றினைக் கட்டுவித்து அதில் வசந்தோற்சவம் நடைபெறச் செய்தார். புதுமண்டபம் கட்டிமுடிந்த கையோடு ஆவணிமூலவீதியை சுற்றி பிராகார மதில் சுவரெடுக்கவும், புதுமண்டபமெதிரில் இராயகோபுரம் எழுப்பவும், எண்ணி கி.பி. 1654-ல் நந்தன ஆண்டு பணியைத் துவக்கினார். அவ்வாறே இதர ஊர்களிலும் அறுபத்துநான்கு கோபுரங்களைக் கட்டத்திட்டமிட்டார். அனைத்து ஊர்களிலும் இப்பணி தொடர்ந்து நடைபெறாமல் நின்று போனது மதுரை மக்களின் துரதிர்ஷ்டமே..............

ஸ்ரீ மீனாட்சியம்மை திருக்கோவிலில் 8-ம் காலம் வைபவம் பள்ளியறை எனப்படுவதாகும். இந்நிகழ்வு சிறப்புற வேண்டித் திருமலைமன்னர் பெரிதும் உளமுவந்து உருவாக்கிய உன்னத கைங்கரியமாகும். இந்நிகழ்ச்சியில் பங்குபற்றி வழிபட நாள்தோறும் தவாறது வருகை புரிந்திருக்கிறார். திருமலைக்கோமான். சொக்கேசர் சன்னதியிலிருந்து பெருமானின் அருட்திருப்பாதங்களை வெள்ளிப் பல்லக்கில் எழச்செய்து, இரண்டாம் பிராகாரம் வழியாக அம்மை மீனாட்சி சன்னதிக்கு கொண்டு செல்லப்படும் முன் திருப்பாதங்களின் திருமுன் கம்பத்தடி வளாகத்தில் திருமுறை ஓதுவார்களால் பிரம்ம ராகம் முழங்கியும், நாதஸ்வர இசையில் ஆனந்தபைரவி ராகமும் மிதந்து வர அவ்வழியே அம்மன் சன்னதி வரை நடைபாவாடை விரித்து வைக்க அய்யன் அதன்மேல் நடந்துவரும் பாவனையில் இதன் ஊடே பல இடங்களில் தீபாராதனை காட்டப்பட்டும், பள்ளியறை வந்தடைந்தவுடன் இறைவனின் திருபாதங்களை பட்டர் கையில் ஏந்தி மார்பணைத்து பள்ளியறை சேர்ப்பிப்பார்.

அவ்வமயம் சோடச உபசார தீபாரதனைகள் நடைபெற, பள்ளியறை மங்கலத் திருப்பாடல் பாடிட வேதியர்கள் வேதபாராணம் கலக்க நீலம்பரிராகம் நாதசுரம் எழுப்ப, சம்பா, வடை, அப்பம், நிவேதனம் செய்தும் தீபாராதனையுடன் பள்ளியறை வழிபாடு வெகுசிறப்புடன் நடந்தேறும். அதன்பின் பக்தர்களுக்கு பால், திருநீரு, சுண்டல், பிரசாதமாக வழங்கப்படும், இவ்வைபவம் காண பல மெய்யன்பர்கள் தொடர்ந்து கலந்துகொண்டு ஆனந்தப் பரவசமடைவதை வழக்கமாகக் கொண்டிருக்கின்றனர். மன்னர்காலம் தொட்டு பின்னரும், பள்ளியறை வழிபாட்டிற்கென வயிநாகரம் நாகப்பச் செட்டியார் கட்டளை ஏற்படுத்தியுள்ளார். ஓதுவார் திருவிண்ணப்பம் செய்ய பாகவதர்கள் பிரம்ம தானம் பாட அத்தியானபட்டர் வேதம் ஓத மற்றும் ஆடல்பாடல் திகழ்த்துவோர் என அனைவருக்கும் உரிய மரியாதைகள் செய்து பலப்பலவாய் அவர்களை ஊக்குவிக்க செய்திருக்கிறார்.

திருமலைமன்னர் இறைவனுக்கு அணியச்செய்த சந்தனம் வெகுஉன்னதமானது. மலாக்கா தேசத்திலிருந்து உயரிய சந்தனக் கட்டைகளை வாங்கி, அக்கட்டையில் தங்க ஆணிகளை அடித்து அதன்மூலம் அரைக்கப்பட்ட நறுமணமிக்க சந்தனக்குழம்பை இறைவன் இறைவிக்குப் பூசி மகிழ்ந்ததோடு மக்களுக்கும், அக்கலவையை வழங்கச் செய்து தானும் அணிந்து மகிழ்ந்திக்கிறார். மக்கள் மனத்தில் நீக்காத இறைவுணர்வும் பக்திநெறியின் உயர்வையும், சைவ வைணவ ஒற்றுமையையும், தமிழர் பண்பாடு கலையுணர்வு மேம்பாட்டையும், வெளிப்படச் செய்தவரும், இன்றுவரை எல்லோராலும் பாராட்டப்டும் கலை நுணுக்கங்களை வெளிப்படுத்தும் உயிரோட்டமுள்ள சிற்பங்களை எல்லோர் மனத்தம் நடமாடச் செய்தவரும், வரலாற்று ஆசிரியர்கள் குறிப்பிடுவது போல் மான்யராஜா எனச் சிறப்புப் பெயர்பெற்ற திருமலை மன்னரின் புகழ், இப்புவியுள்ள மட்டும் அநேக ஆலயங்களிலும், அங்கு வழிபட்டு வரும் ஆன்மீக உள்ளங்களிலும், மறையாது நிலைத்து நிற்கும்.