​மதுரைக்கும், சிருங்கேரி மடத்திற்கும் ஆதிசங்கரர் காலத்திலிருந்தே தொடர்புண்டு. அவர் மதுரை மீனாட்சி அம்மன் மீது  பஞ்சரத்தினம், அஷ்டகம், நவரத்தின மாலை  துதிகளை பாடியுள்ளார்.

வித்யாரண்யர்

வித்யாரண்யரின் அருளாசியால் சகோதரர்களான ஹரிஹரர், புக்கர் இருவரும் விஜயநகர பேரரசை நிறுவினர். இதற்கிடையில் ​1324ல் அந்நியர் படையெடுப்பின் போது மதுரை கோயிலில் பூஜை நின்றது. கல் சுவர்களால் மூலவர் இருக்கும் சுவாமி, அம்மன் கருவறைகள் மூடப்பட்டது.
உற்ஸவர் சிலைகள் மானாமதுரைக்கு கொண்டு செல்லப்பட்டன. 1371ல் மதுரையை ஆட்சி செய்த மன்னன் ஹாஸனை, விஜயநகர மன்னர்  குமார கம்பணன் (புக்கரின் மகன்) தோற்கடிக்கவே மீண்டும் மீனாட்சி அம்மனின் கோயிலில் பூஜை தொடங்கப்பட்டது.  
இதன்பின் கோயிலை சீர்படுத்தும் பணி தொடங்கியது. தொடர்ந்து மதுரை மன்னர் விஸ்வநாத நாயக்கரும், அமைச்சர் அரியநாத முதலியாரும் கோயிலை புதுப்பித்தனர்.

அபிநவ நரசிம்ஹ பாரதீ சுவாமிகள்

1600 – 1623 வரை பீடாதிபதியாக இருந்த அபிநவ நரசிம்ஹ பாரதீ சுவாமிகள் திண்டுக்கல் வத்தலகுண்டு அருகிலுள்ள பரளி கிராமத்தைச் சேர்ந்தவர். இவரது ஆசியுடன் மதுரையை ஆட்சி செய்த முத்து வீரப்ப நாயக்கர், கம்பத்தடி, வசந்த மண்டபங்களை கட்டினார். விஜயநகர மன்னரான வீர வசந்தராயரின் பெயரே மண்டபத்திற்கு சூட்டப்பட்டது.

சச்சிதானந்த பாரதீ சுவாமிகள்

25வது பீடாதிபதியான சச்சிதானந்த பாரதீ சுவாமிகள் மதுரையை ஆட்சி செய்த திருமலை நாயக்கரின் காலத்தவர். இவர் மீனாட்சி அம்மன் மீது சதகம், அஷ்டகம் பாடியுள்ளார்.  இந்த கால கட்டத்தில் தான் மதுரை புது மண்டபமும், அம்மன் சன்னதி சிருங்கேரி மடமும் கட்டப்பட்டது.  நீலகண்ட தீட்சிதர் இங்கிருந்தே மீனாட்சி அம்மன் மீது ‘ஆனந்த சாகர ஸ்தவம்’  பாடினார்.
​32வது பீடாதிபதி நரசிம்ஹ பாரதீ சுவாமியும், 33வது பீடாதிபதி சச்சிதானந்த சிவாபிநவ நரசிம்ஹ பாரதீ சுவாமியும் 1872ல் மதுரைக்கு வந்தனர். இரண்டு ஆச்சாரியர்களும் மீனாட்சி அம்மனுக்கு பூஜை செய்தனர். ராமேஸ்வர யாத்திரையின் போது 1874ல் மதுரைக்கு மீண்டும் வந்தனர்.
மதுரை மடத்தில் ஆசிரியர்களை தங்க வைத்து வேதம் கற்பிக்க நரசிம்ஹ பாரதீ சுவாமிகள் 1874ல் கடிதம் மூலம் உத்தரவிட்டார். அதுவரை வேதபாடசாலை மீனாட்சி அம்மன் கோயிலிலேயே இருந்தது தெரிகிறது.

சந்திரசேகர பாரதீ சுவாமிகள்

34வது பீடாதிபதியாக இருந்தவர் சந்திரசேகர பாரதீ சுவாமிகள். 1925ல் இவர் மதுரை மீனாட்சி அம்மனை தரிசித்த போது, ‘அத்ராக்ஷம் பஹுபாக்யத:’ (மிகுந்த பாக்கியத்தால் அம்மனை தரிசித்தேன்) என ஆனந்த கண்ணீருடன் பாடல் பாடினார். அப்போது ஆடி வீதியில் பக்தர்களுக்கு அன்னதானம் வழங்கப்பட்டது.  

அபிநவ வித்யா தீர்த்த சுவாமிகள்

35வது பீடாதிபதியான அபிநவ வித்யா தீர்த்த சுவாமிகள் 1958, 1965, 1969, 1975, 1980ல் மதுரை மீனாட்சி அம்மன் கோயிலுக்கு வந்தார். அப்போது கோயிலில் உள்ள திருக்கல்யாண மண்டபத்தில் பூஜை நடத்தி பக்தர்களுக்கு பிரசாதம் அளித்தார். 1958ல் அவர் வந்த போது சங்கர ஜெயந்தி விழாவில் ஆதிசங்கரருக்கு கனகாபிஷேகமும், பல்லக்கு ஊர்வலமும் நடத்தினார். 1975ல் அபிநவ வித்யா தீர்த்த சுவாமிகளுடன் தற்போதுள்ள ஜகத்குரு பாரதி தீர்த்த சுவாமியும் வந்தார்.

பாரதி தீர்த்த சுவாமிகள்

1987ல் இவர் மதுரை வந்த போது வறட்சி நிலவியது. கிருஷ்ண சாஸ்திரி மூலம் மகாபாரதம் விராட பர்வத்தை படிக்குமாறு சுவாமிகள் கூறினார். அப்படியே செய்ய மழை பெய்தது. அம்மன் சன்னதி தெருவிலுள்ள பழைய மடத்திற்கு 2012 மே 30ல் சுவாமிகள் தலைமையில் கும்பாபிஷேகம் நடந்தது. 2017ல் பாரதி தீர்த்த சுவாமிகளும், விதுசேகர பாரதி சுவாமிகளும் வந்தனர்.
தினமும் சிருங்கேரியில் நடக்கும் சந்திர மவுலீஸ்வர பூஜையில் மீனாட்சி அம்மன் விக்ரஹமும் இடம் பெற்றுள்ளது.