அருட்பெருமையும் வரலாற்றுப் பழமையும் மிக்க திருமால் கோயில்களுள் ஒன்று பொன்னாலை வரதராஜப் பெருமாள் கோயில். இலங்கையில் பழமையும் பெருமையும்மிக்கனவாக விளங்கும் சைவ கோயில்களான திருக்கேதீச்சரம். திருக்கோணேச்சரம். கதிர்காமம். நகுலேஸ்வரம். கீரிமலை முதலிய கோயில்களின் தோற்றம். பெருமை ஆகியவற்றோடு பொன்னாலை தலத்தின் வரலாறும் தக்க்ஷண கைலாச புராணத்தில் கூறப்பட்டுள்ளது. இந்தப் புராணம் நைமிசாரண்ய முனிவர்கள் கோமதியாற்றங்கரையில் தீர்க்க சத்திரம் என்னும் யாகத்தைச் செய்து முடித்தபோது சூதமுனிவரால் சொல்லப்பட்டதாகும் இதில் பொன்னாலயப் பெருமை உரைத்த படலம் என்னும் அத்தியாயத்தில் இக்கோயில் பற்றிச் சொல்லப்பட்டிருக்கிறது.
முன்னொரு காலத்தில் துர்வாச முனிவரால் தேவேந்திரன் சாபம் பெற்று நீசத்தன்மை அடைந்தான். தன் சாபம் நீங்க முனிவரிடமே விமோசனம் வேண்டினான். மனமிரங்கிய துர்வாசர் சேது மத்தியிலிருக்கும் இலங்கையில் பொன்னாலயம் என்னும் பட்டணத்திலே வலைஞர் குலத்திலே நீ பிறப்பாய் உரிய காலத்தில் மகா விஷ்ணு கூர்மாவதாரம் எடுத்துவந்து உன் சாபம் நீக்குவார்! என்று கூறினார். துர்வாசர் கூறியபடி வலைஞனாகப் பிறந்த இந்திரன், இப்போது கோயில் அமைந்துள்ள இடத்திற்கு அருகில் உள்ள கடலில் ஒருநாள் வலை வீசினான். வலையில் ஓர் ஆமை அகப்பட்டது அதனை அவனால் தனித்து கரை சேர்க்க முடியவில்லை. தன் இனத்தவரின் துணையை நாடினான். வந்தவர்கள் அனைவரும் அங்கே ஓர் அதிசயத்தைக் கண்டனர்.
ஆகாயமார்க்கத்தில் பொன்னொளி வீசும் விமானம் ஒன்று வந்தது. ஆமையைத் தீண்டியதும் வலைஞனாக இருந்த இந்திரன் சுய உரு எடுத்து அந்த விமானத்தில் ஏறிச் சென்றான். அதனைக் கண்டு வியந்தவர்கள். ஆமையினருகே விரைவாகச் சென்றடைந்தார்கள். அச்சமயத்தில் அந்த ஆமை கல்லாக மாறியது. இது என்ன அதிசயம்! என்று அவர்கள் வியந்தார்கள். அப்போது ஆமையாக வந்தவர். அனந்த சயனனே என்று அசரீரி எழுந்தது. எனவே அந்த எழுந்தது. எனவே அந்த இடத்தில் ஓர் கோயில் அமைத்து, பெருமாளை பிரதிஷ்டை செய்து வரதராஜப் பெருமாள் எனத்திருநாமமிட்டு வழிபடத்தொடங்கினார்கள்.
இந்திரனுக்கு திருமால் சுயஉருவில் காட்சி தந்தபோது அவரது திருவடிச் சுவடு பதிந்த இடம் மிகவும் பரிசுத்தமானது இவ்விடத்திற்கு திருவடிநிலை என்று பெயர்! இவ்வாறு வேதியர்களுக்குச் சொன்ன சூதமுனிவர், இந்தப் பொன்னாலை புராணத்தை படிப்பவர் கேட்பவர் யாவரும் நாராயணன் அருளைப்பெற்று மன விருப்பங்கள் எல்லாம் நிறைவேறப் பெறுவர். ஆவணிமாத கிருஷ்ணபட்ச அஷ்டமி திதி நாளாகிய விசேஷதினத்தில் பொன்னாலய கோயிலில பெருமாளை தரிசனம் செய்பவனுடைய பாவங்கள் எல்லாம் அழிந்து எல்லா நலன்களையும் அடைந்து மகிழ்ந்து, மறுமையில் வைகுண்டலோகத்தை அடைந்து களிப்புற்று வாழ்வான்! என்று கூறி முடித்தார்.
புராணச் சிறப்புடன் தோன்றிய வரதராஜப் பெருமாள் கோயில், சரித்திர காலத்தில் சீரும் சிறப்பும் உடையதாயும், ஸ்ரீமந் நாராயணனின் அருள் பிரவாகிக்கும் மகிமை உடையதாகவும் விளங்கியிருக்கிறது. குளக்கோட்டன் என்னும் பெயரால் புகழடைந்த அரசன், பொன்னாலை வரதராஜப் பெருமாளை வணங்கி, பல திருப்பணிகளைச் செய்திருக்கின்றான். தமிழ்நாட்டிலே முதன்மையான திருமால் தலமாக விளங்கும் ஸ்ரீரங்கத்தில் உள்ளது போல பொன்னாலையிலும் ஏழு வீதிகள், கோபுரங்கள் அமைக்கும் திருப்பணிகளை குளக்கோட்டன் செய்தான். இம் மன்னன் அமைத்த ஏழாம் வீதியில், கோயிலுக்குச் செல்வோர் முதலில் வணங்க அமைத்த விநாயகர் கோயிலே இப்போது வரதராஜப் பெருமாள் கோயிலுக்கு சுமார் கால்மைல் முன்பாக அமைந்துள்ள சித்தி விநாயகர் கோயிலாகும். இக்குளக்கோட்டு மன்னன் இக்கோயிலிற்கு செய்த திருப்பணிகளின் பெருமையில் இருந்தே மன்னனுக்கு விசேஷமாக நாராயணன் அருள் புரிந்ததை அறியலாம்.
அந்நியப்படையெடுப்பால் ஏழு வீதிகளுடன் இருந்த கோயில் அழிந்தது. அந்த கோயிலில் எடுத்த கற்களைக் கொண்டே சங்காணைக் கோட்டை, ஊர்க்காவல் துறைக் கடற்கோட்டை முதலியன அமைக்கப்பட்டன. யாழ்புஅபாணத்தில் ஆங்கிலேய அரசாங்கம் சமய சுதந்தரம் வழங்கியவுடன் தோன்றிய கோயில்களுள் ஒன்றாக பொன்னாலை வரத ராஜப் பெருமாள் கோயிலும் இடம் பெறுகிறது. யாழ்ப்பாணச் சமய நிலை என ஆறுமுக நாவலர் எழுதிய நூலில், சிறப்பாகத் திருவிழா நடைபெற்று அதிக மக்கள் கூடும் கோயில்களின் வரிசையில் இக்கோயிலும் ஒன்று எனக் குறிப்பிடப்பட்டுள்ளது. தற்காலத்தில் வரதராஜப் பெருமாளிடம் கொண்ட பெரும் ஈடுபாடு காரணமாக மிகப்பெரிய அளவில் கோயில் அமைக்க விரும்பிய அன்பர்கள் பெரிய திட்டத்தில் மூலஸ்தானத்தை அமைத்து அதற்கேற்ப பிற மண்டபங்களை அமைத்து வருகின்றனர். இக்கோயிலின் மகாலக்ஷ்மி நாகர், சனீஸ்வரன் நவகிரகங்கள் ஆகிய மூர்த்திகளும் உள்ளன. இக்கோயில்களுடன் தொடர்புடைய கோயில்களாக விளங்கும் விநாயகராலய வைரவராலய மூர்த்திகளும் அருட்சிறப்பு மிக்கனவாகவே திகழ்கின்றன. இத்தலத்தில் மகாலட்சுமியும் நாராயணனை பூஜித்து அருள் பெற்றுள்ளதாக திருக்கேதீச்சர புராணத்தில் சொல்லப்பட்டிருக்கிறது.
இந்திரனின் பொன்மயமான விமானத்தை பலரும் கண்டதாலும், பொன் என்னும் பெயருடைய லட்சுமி பூஜித்த காரணத்தாலுமே இக்கோயிலுக்கு பொன்னாலயம் என்னும் பெயர் ஏற்பட்டது. இக்கோயிலில் சமீபத்தில் பூமிலட்சுமி சன்னதி அமைக்கப்பட்டுள்ளது. இச்சன்னதியை பக்தர்கள் ஒவ்வொரு நாளும் குறிப்பிட்ட முறை வீதம் வலம் செய்து, ஒருசில நாட்களில் மொத்தமாக நூற்றெட்டு முறை பிரதட்சணம் செய்வது விசேஷ பிரார்த்தனையாக உள்ளது. இப்படிச் செய்து அருள் பெற்றவர் அநேகர் இன்றும் பலர் சிரத்தையுடன் இவ்வழிபாட்டை மேற்கொள்கின்றனர். ஒரு சமயம், ஒரே தினத்தில் நூற்றெட்டு முறை வலம்வர எண்ணி மிகவும் சிரமப்பட்டு வலம் வந்தனர். ஒரு தம்பதியர். அவர்கள் நூற்றெட்டாவது முறை வலம் வந்தபோது கருடன் தன் இறக்கைக் காற்று அவர்கள் மீது படும்படியாகத் தாழ்ந்து பறந்து ஆசிர்வதித்ததும் அவர்களது களைப்பு நொடியில் பறந்துபோனதும் இங்கே பலரும் நேரடியாகக் கண்ட அற்புதம் இக்கோயிலில் விசேஷ நிகழ்ச்சிகள் நடைபெறும்போது கோயிலுக்கு மேல் கருடன் பறப்பதும் இயல்பாகும்.