பழைய தமிழ்நூல்களில் திருச்செந்தூரை திருச்சீர் அலைவாய் என குறிப்பிட்டுள்ளனர். அலைகள் பொங்கும் கடலோரத்தில் இருப்பதால் இப்பெயர் ஏற்பட்டது. அறுபடை வீடுகளில் மற்றவை மலை மீது இருக்க, திருச்செந்தூர் மட்டும் கடற்கரையில் உள்ளது.ஒரு காலத்தில் இங்கு சந்தனமரங்கள் அடர்ந்த மலை ஒன்று இருந்தது. அப்போது இத்தலத்தை ’மலைவாய்’  என்றனர். அது கடலில் மூழ்கியது. அடிக்கடி கடல் சீற்றத்தால் இப்பகுதியும் பாதிக்கப்பட்டது. பிறகு கடற்கரையில் சுப்பிரமணியர் (முருகன்) கோயில் எழுந்த பின் கடல் சீற்றம் மறைந்தது. 2004ல் ஏற்பட்ட சுனாமியில் கூட இத்தலம் பாதிக்கப்படவில்லை.