அகத்தியமுனிவர் குடகுமலையில் ஒரிடத்தில் கமண்டலத்தை வைத்துவிட்டு லிங்க பூஜை செய்தார். அப்போது ஒரு காகம் பறந்து வந்து கமண்டலத்தை தட்டி விட்டது. கண்டலம் சரியவே உள்ளே இருந்த தண்ணீர் ஆறாய் பிரவாகம் எடுத்தது. பெரிய நீர் வீழ்ச்சியாய் அது கொட்டியது. அதனை சிவசமுத்திரம் என சிவனின் பெயரால் அழைத்தார். அது கா எனும் சோலைக்குள் விரிந்து பரவிச் சென்றதால் காவிரி எனும் பெயர் வைத்தார்.  காவிரி பரந்து விரிந்து செல்லும்போது, பளிங்கு நீரின் அடியில் உள்ள மணல்துகளில் மெல்லிய வண்டல் கலந்து பொன் நிறமாக மிளிரும். இதனால், முற்காலத்தில் காவிரியை பொன்னி நதி எனவும் அழைத்துள்ளனர். 

காடு, நிலம் சார்ந்த இடத்தில் காவிரி வெள்ளப்பெருக்கோடு ஓடியதால் அங்கு வசித்த மக்கள் உயிர்சேதம் ஏற்படக்கூடாது என்பதற்காக கரையோரம் அம்மனை பிரதிஷ்டை செய்து அதற்கு பொன்னி அம்மன் என பெயர் சூட்டி, காவிரியில் வெள்ளம் கரைபுரண்டு ஓடும் காலங்களில் அம்மனுக்கு படையல் வைத்து தங்களை காக்க போற்றி வழிபட்டனர். காவிரியின் கரையோரம் வசித்த கிராம மக்கள் காலாகாலமாக காத்து வருவதால் பொன்னியம்மனை குல தெய்வமாகவும், கிராம தெய்வமாகவும், எல்லை தெய்வமாகவும் வணங்கி வந்தனர். காலப்போக்கில் காவிரி கரையோரம் வசித்த பலர் தொழில் சார்ந்து இடம்பெயரும் காலகட்டங்களில் தாங்கள் வசிக்கும் பகுதியில் பொன்னியம்மன் கோவில்களை நிர்மானித்து ஊர் எல்லை தெய்வமாகவும், காவல் தெய்வமாகவும் வழிபட்டு வந்தனர். அப்படித்தான் தமிழகத்தின் பல மாவட்டங்களில் பொன்னியம்மன் மக்களை காக்கும் அம்மனாக அருள்பாலிக்கின்றாள்.  அப்படி சென்னை, மடிப்பாக்கத்தில், 500 ஆண்டுகளுக்கு முன் தோன்றியதுதான் பொன்னியம்மன் கோவில். ஊர் மக்களின் எல்லை தெய்வமான பொன்னியம்மனுக்கு ஆண்டுதோறும் ஆடிமாதம் பொங்கல் வைத்து, மாவிளக்கு ஏற்றி, கூழ்வார்த்து அம்மனுக்கு வேண்டுதல் நிறைவேற்றி வழிபாடு செய்தனர். 

கடந்த, 70 ஆண்டுகளுக்கு முன் பொன்னியம்மனுக்கு என தனி தேர் இருந்துள்ளது. அது விசேஷ காலத்தில் கோவிலில் இருந்து புறப்பட்டு மடிப்பாக்கம், உள்ளகரம்-புழுதிவாக்கம் வழியாக மீண்டும் கோவிலில் நிலைக்கு வரும். பரம்பரை பரம்பரையாக மடிப்பாக்கம் சுற்றுவட்டார பகுதியில் வசிப்பவர்கள் பொன்னியம்மனிடம் உத்தரவு பெற்ற பிறகே எந்த ஒரு சுப நிகழ்வினையும் செய்து வந்துள்ளனர். அவ்வளவு சிறப்பு பெற்ற இக்கோவில் கடந்த, 2000ம் ஆண்டு புனரமைக்கப்பட்டு கும்பாபிஷேகம் நடத்தப்பட்டது. அதன் பிறகு, 2012ல் இரண்டாவது கும்பாபிஷேகம் நடந்தது. அடுத்த கும்பாபிஷேகம் திருப்பணி முடித்து வரும் தை மாதம் நடத்த கோவில் நிர்வாகம் திட்டமிட்டுள்ளது. 

ஆடி மாத விசேஷம்: இக்கோவிலில் ஆடி மாத கொண்டாட்டம் வெகு விமர்சையாக கொண்டாடப்படுகிறது. ஒவ்வொரு வெள்ளிக்கிழமையும் பெண்கள் பொங்கல் வைத்து, மாவிளக்கு ஏற்றி வழிபாடு நடத்துவர். அம்மனுக்கு கூழ்வார்த்து, சிறப்பு அபிஷேம், அலங்காரம் செய்து வழிபாடும் நடக்கும். கும்பாபிஷேக நாளான வைகாசி அஸ்தம் அன்று நவசண்டி ஹோமம் விமர்சையாக நடத்தப்படுகிறது.  

கோவில் திறந்திருக்கும் நேரம்: காலை 6:30 மணி முதல் 10:30 மணி வரை. (வெள்ளிக்கிழமை-காலை 11:30 மணிவரை) மாலை 5:30 மணி முதல் 8:30 மணி வரை.